Glary Utilities bringt zahlreiche Wartungswerkzeuge auf den PC: Per 1-Klick-Überprüfung ordnet und säubert die Anwendung die Systemdatenbank Windows Registry, ungültige Programmverknüpfungen, temporäre Dateien und das Autostart-Menü. Außerdem spürt Glary Utilities vorhandene Spyware auf und vernichtet derartige Schädlinge.

Alternativ zu der Ein-Klick-Variante kann man diese Module einzeln verwenden. Darüber hinaus deinstalliert Glary Utilities gezielt Programme, optimiert den Arbeitsspeicher, verwaltet das Kontextmenü, vernichtet Daten vollständig, bearbeitet Add-Ons für den Internet Explorer, verschlüsselt Dateien, findet Duplikate sowie leere Ordner, zerlegt Daten in beliebige große Teile und überwacht laufende Prozesse. Auf alle Funktionen greift man direkt über ein Fenster zu.