Beyond Compare vergleicht Dateien auch innerhalb von Zip-Archiven oder kompletten Ordnern und synchronisiert diese wahlweise, um etwa die Dateien von Notebook und PC miteinander, oder auch FTP-URLs mit UNC\Drive Paths zu vergleichen und synchronisieren, abzugleichen.

Dabei blendet es Unterverzeichnisse optional aus. Im Resultat hebt das Programm gleiche und unterschiedliche Dateien farblich hervor, was eine schnelle Übersicht über den Inhalt zweier Verzeichnisse ermöglicht.

Dabei dienen Datum, Extension oder Größe als grobe Kriterien. Beim Textvergleich kann man Toleranzregeln festlegen, sodass geringfügige Unterschiede zwischen zwei Dateien ignoriert werden.